Ayer tuve una interesante charla sobre este tema. Uno de los participantes se inclinaba fervientemente por el uso de herramientas físicas: pizarra y post-its. Yo en cambio me inclino más hacia el uso de herramientas de  software, tal vez sea porque no soy muy amigo del papel o tal vez sea que tengo algunos motivos más profundos y menos subjetivos como ser:

• El uso de pizarra y post-its tiene como positivo que es un irradiador natural de información y con un simple vistazo uno puede ver el estado. Sin embargo, esto ya no es algo exclusivo de las pizarras. Hoy en día existen diversas herramientas de software que «emulan» una estética/experiencia similar a los post-its y que combinadas con un monitor grande dedicado (o directamente un televisor) permiten disfrutar de este beneficio de la irradiación de información. Personalmente he trabajado con herramientas de software como Trello, Mingle y Pivotal, con muy buenos resultados.
• El uso de post-its hace más compleja la obtención de métricas, ya sea porque las mismas deben calcularse a mano o bien porque la información que está en post-its debe replicarse en alguna herramienta software para el cálculo de las métricas.
• Si tu organización requiere algún tipo de trazabilidad o un historial de items es muy posible que ya estés obligado a usar una herramienta de software.
• Finalmente está la cuestión de la distribución del equipo, hoy en día es cada vez más común tener gente distribuida físicamente, lo cual dificulta el uso de herramientas físicas. Ojo, no digo que no puedan usarse, sino que su uso en un contexto así puede llegar a requerir de trabajo adicional.

Claro que si tu equipo no está distribuido y no usas métricas en tu proyecto puede que resulte más práctico usar una pizarra.
Más allá de esto, debo reconocer que hay cierta «mística» o «ritual» en el uso de post-its, que en ciertos contextos puede resultar motivador para los equipos.